Convaincu que son frère est innocent, Michael Scofield (Wentworth Miller ), tentera tout pour libérer frère aîné de prison, Lincoln Burrows (Dominic Purcell ) qui attend son exécution dans la prison de Fox River. Pour cela, il va faire un hold-up dans une banque afin de se retrouver lui-même incarcéré aux côtés de son frère. Une fois en prison, on apprend que Michael est ingénieur, et qu'il a étudié les plans de la prison puis tatoué sur son corp. Michael, va tout faire pour que l'évasion se déroule comme il l'avait prévu avant l'execution à mort de son frère pour un crime qu'il n'a pas commis. Cependant, tout ne va pas se passer exactement comme il le voudrait ...
Les prisoniers de fox river a savoir : michael , lincoln , t-bag , c-note .... sont en fuite et la série se transforme en course poursuite, les prisonniers évadés étant pourchassés par a police et le FBI. Ils essaient d'éviter de se faire capturer. Ils vont également mener leur petite enquête pour en savoir plus sur cette affaire de corruption qui a conduit Lincoln en prison.
Triste ironie. Accusé d'un meurtre qu'il n'a pas commis, Michael est emprisonné à Sona, au Panama, tandis que Lincoln, innocenté, oeuvre pour sa libération. Le consulat lui a promis de transférer son frère dans un pénitencier moins dur. Car Sona est un véritable enfer ; dans cette prison sans gardiens, les pires criminels sont livrés à eux-mêmes. Tous obéissent à un caïd, Lechero, qui a imposé la loi du plus fort. Le moindre différend se solde toujours de la même façon : un duel à mort. . . . . .
LA SUITE DE LA SAISON 3 PASSERA LE 14 JANVIER 2008
